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如何得到一张漂亮的琼脂糖凝胶电泳图

 

华雅思创生物推出一波分子产品,电泳是分子最基础的实验,今天华雅思创先和大家聊聊如何得到一张漂亮的电泳图。

做一块优质的琼脂糖凝胶

“工欲善其事,必先利其器”,能否做一块好的琼脂糖凝胶,直接影响到后面电泳和结果的分析。制胶前,给大家的建议:

 

1. 在制胶时必须将制胶模具、梳子以及烧杯等物品洗净,以免干胶及其他杂质带入;

 

2. 在溶胶时应观察溶液中是否有未溶解的琼脂糖颗粒,确保溶胶完全;

 

3. 在溶液倒入制胶模具前必须充分混匀,以免制出来的胶出现不均匀的现象。

 

 

图一:制胶时带入了其它杂质,形成了障碍物,使得DNA条带电泳时受到阻碍无法继续电泳,从而形成扭曲带

 

图二:制胶时溶胶不完全以致琼脂糖颗粒残留,形成一些浓度较高的凝胶区域,在DNA电泳经过这些区域时,部分DNA被阻碍在这里而形成不规则亮带。

 

合适浓度的琼脂糖凝胶

凝胶的浓度是常被忽略问题。建议:长片段的DNA选用低浓度的凝胶电泳,短片段的DNA则选用高浓度的凝胶电泳。

 

表一:分离不同大小的DNA片段所用的最适凝胶浓度

 

合适的核酸上样量电泳

要想电泳跑出可见条带的话,至少需要上样50 ng,但是0.5 cm宽的梳子最好不超过0.5μg的DNA量,因为上样量过多会造成加样孔超载,从而导致拖尾或弥散,对于较长的DNA此现象更为明显。另外,加样量的多少还应依据加样孔的大小及DNA片段的长度而定,当加样孔大时,样品上样量应相应加大。

 

合适的电压电泳

通常情况下电压越低,走出的电泳条带越平整。低电压电泳时,电泳缓冲液也不容易发烫,也能确保在电泳的过程中凝胶不会变形。当然电压太低,等待电泳结果的时间就会延长,综合考虑,一般控制电泳电压≤5V/cm,即可保证电泳条带的清晰度。

 

 

               

图三和图四同一样本跑出的图,但是出来的效果差别非常大,主要是因为电泳时的电压不同

图三由于电泳的电压过大,导致电泳条带都扭曲变形了。

 

合适的电泳距离(控制电泳时间)

一些片段的DNA,电泳20-30min家常便饭,有的甚至需要更长的时间,如果想稍微快一点,可以选用浓度比较稀的凝胶或稍微调高一点电压进行电泳。

 

众所周知,Lonza是世界上久负盛名的琼脂糖源生产商,其所产琼脂糖质量上乘、畅销全球,深受工业生产和科研用户的欢迎。选择正确的琼脂糖就等于配了一把保险锁,帮助您把实验误差降至,实验结果更漂亮,更重要的是降低您的实验成本!

     SeaKem® Gold Agarose是一种高凝胶强度,低EEO(电渗),标准凝胶温度的琼脂糖。SeaKem® Gold Agarose琼脂糖属于遗传技术级别, 适用于在脉冲场凝胶电泳实验(PFGE)中快速分离巨大碱基对DNA。低电渗性能使得其在凝胶电泳实验中DNA电泳迁移率明显大于使用传统琼脂糖,调节缓冲液和琼脂糖浓度可以使跑胶时间减少一半。高凝胶强度使其在低浓度时很容易操作,能够使用传统电泳分离大DNA片段,减少分离 DNA片段时间(PFGE)。

产品名称:SeaKem® Gold琼脂糖粉

产品货号:50150

 

性能

• 高凝胶强度;

•  低EEO(电渗)≤0.05

• 脉冲场凝胶电泳中可分离DNA 50kb-10Mb

• 垂直电泳中可快速分离DNA 30kb-50kb

 

 关于这些参数的内涵: 

1. 凝胶强度:衡量琼脂糖性能的关键参数,凝胶强度越高,凝胶性能越好,可以保证在低浓度下,凝胶性能依然很好,高凝胶强度琼脂糖适合大分子核酸。Seakem Gold Agarose 凝胶强度高,可在0.3%、0.5%的浓度下分离超大片段核酸。

 

 

2. 低电渗(Low EEO:电渗是一种物理现象,由于琼脂糖这样的多孔支持物在电场中会吸附水中的正负离子,而使溶液带电向电极泳动,从而干扰核酸或蛋白电泳, Lonza  Seakem  Gold  Agarose金琼脂糖是低电渗≤0.05,几乎不干扰核酸电泳。

 应用:

 

• 分析长片段 PCR 产物 

• 分离和进一步操作 DNA >1,000 bp 

• DNA & RNA 的分析电泳

• DNA & RNA 印迹   


产品信息

 

品牌 产品货号 产品名称
Lonza 50150 SeaKem® Gold琼脂糖粉
Lonza 50100 SeaPlaque AGAROSE琼脂糖125G
Lonza 50110 SeaPlaque GTG AGAROSE琼脂糖125G
QIAGEN 52904  Viral RNA Mini Kit 病毒RNA提取试剂盒
QIAGEN 762164 PAXgene Blood RNA Kit
QIAGEN 762174 PAXgene Blood RNA Kit (50)
Thermo KIT0204 /KIT0214 PicoPure™ RNA Isolation Kit
Thermo 15596026/15596018 TRIZOL RNA提取试剂
Bio-Rad TLS0851 0.2ml低位8联薄壁PCR管,无盖,
Bio-Rad TLS0803 0.2ml低位9联薄壁PCR管盖,透明光学级平顶
BD 762165 PAXgene Blood RNA Tube RNA样本收集管
BD 364606 8.5mL ACD全血玻璃管,A型ACD溶液,
BD 362788 5mL BD血浆准备管(PPT管)
BD 362799 8.5mL BD血浆准备管(PPT管)
BD 365967 0.5mL 末梢采血管;金黄色头盖
BD 365978 0.5mL 末梢采血管;金黄色头盖
BD 365963 0.5mL 末梢采血管;红色头盖

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