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高通量测序解决方案助力新冠病毒研究

 

2019年底突如其来的新型冠状病毒,让我们再次认识到了广泛分布且种类繁多的病原微生物对人类的威胁。面对一场突如其来的疫情,既要采用科学的手段快速发现并认识病原微生物,同时也要基于科学的认识制定可行的临床检测和治疗方案。新兴的高通量基因测序技术通过直接对病毒基因组进行全面分析,对于2019-nCoV的首先确认、动态分析、进化来源以及致病机制、传播途径研究等具备了无可比拟的优势。

作为分子生物学领域的行业领导者,QIAGEN旗下多款经典病毒核酸纯化试剂盒就以其回收率高、核酸纯度高、多样本兼容性的优势在2019-nCoV实验检测环节中 做好准备。同时QIAGEN提供了基于不同技术和方法的检测方案,包括高通量测序技术方案。

 

 

除了新型冠状病毒外,近年来造成人类感染的病原微生物也日益复杂,同时抗菌药物滥用与细菌耐药已成为全球关注的焦点。如今,高通量测序已经迅速成为临床实验室的重要检测平台,延展并提高了经典微生物方法的检测能力,

 

病毒核酸全转录组扩增

实际的检测过程中可能拿到的并非都是最佳样本,如来自上呼吸道的咽拭子就因其自身病毒含量低而极易造成检测假阴性。面对这样的现实困境,我们在提高核酸产量、质量的同时,也可以借助 “全转录组扩增技(WTA)”技术对核酸进行均等的放大,解决样本量不足的难题。

基于QIAGEN充分优化改良的 “多重置换扩增(MDA)”技术,REPLI-g WTA Single Cell能够针对单个细胞或pg级纯化RNA进行快速的全转录组扩增。区别于传统PCR类扩增方法,REPLI-g可在等温条件下进行均等、高保真的高灵敏度扩增,双链cDNA产物非常适用于下游进行高通量测序(二代或三代测序)、PCR等方法检测,也多次被运用于类似疫情的检测方案中,如在2014年西非埃博拉病毒以及2016年中国南方的寨卡病毒疫情方案中,来自中国疾控中心、广东省疾控中心等单位的研究人员就已将REPLI-g应用在对抗疫情的实战中。

人源等宿主rRNA去除

疫情检测所采用的样本绝大多数来自呼吸道、血液等,纯化后的核酸产物中还存在着大量的人源RNA,占用大量数据的同时还会对结果的准确性产生潜在影响。通过对测序的结果进行分析,我们可看到人源rRNA序列占比极高,因此我们可以通过去除人源rRNA等手段来部分解决这一问题。此时,又到了QIAseq FastSelect展现其真正实力的时候了!

借助独特的“黑科技”,仅需通过简单的1步加样以及一段程序性降温孵育,无需任何纯化步骤,便能在14分钟内完成样品中人源或其他哺乳动物来源rRNA的高效去除。这一过程可与REPLI-g WTA Single Cell Kit以及几乎所有其他的逆转录试剂盒、RNA建库试剂盒相兼容,在避免因多步纯化而造成病毒核酸损失的同时,还可极为快速地完成rRNA去除这一限速步骤。此外,如果在粪便、肛拭子等样本中存在较多的细菌组分,我们也同样可以利用QIAseq FastSelect 5S/16S/23S Kit结合QIAseq FastSelect HMR Kit在一步流程中同时完成全部细菌和宿主rRNA的去除,十分便捷。

产品名称          货号

QIAseq FastSelect -rRNA & -Globin HMR Kit   334386

NGS文库构建

在完成rRNA去除并对RNA进行逆转录反应(含二链合成)后,一款高效的建库试剂盒是完成cDNA样品文库构建的测序前关键步骤。KAPA KK8514 DNA HyperPlus文库构建试剂盒

货号:KK8514,整合了DNA酶切片段化及文库构建步骤,所有反应均在一管中完成。酶切片段化可以降低DNA末端损伤,尤其对于FFPE DNA更是如此。

 

 

货号 产品名称 规格

KK8514 KAPA DNA HyperPlus 文库构建试剂盒,含扩增 96 次

KK8512 KAPA DNA HyperPlus 文库构建试剂盒,含扩增 24次

KK8513 KAPA DNA HyperPlus 文库构建试剂盒,PCR-Free 24 次

KK8515 KAPA DNA HyperPlus 文库构建试剂盒,PCR-Free 96 次

 

过去几周来自中国疾控等单位的科学家在其研究中也分别采用了QIAGEN样本制备(QIAamp Viral RNA Mini Kit,货号:52904)等解决方案进行了冠状病毒的测序和基因组分析并相继发表在国际顶尖杂志上。

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