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产品编号:HY-12897

Rubicon R300669 SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq 基因测序

SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq

  • 注册品牌: Takara
  • 生产厂家: Rubicon
  • 订购货号: R300669
  • 规格型号: 24 Rxns
  • 产品编号: HY-12897
  • 产品种类: 试剂盒

到货时间:中国无现货

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Rubicon SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq 

 

Code No.          产品名称                         包装量

R300669   SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-seq Kit 24 Rxns

R300670   SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-seq Kit 96 Rxns

R300698   SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit 384 Rxns

 

单细胞起始的DNA测序文库构建

SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit

  • 高重现性和准确性:可用于CNV、SNV和非整倍体检测
  • 在SNV和CNV检测方面优于MDA技术
  • 三小时的工作流程,手动操作时间不到30分钟
  • 均匀的高覆盖率,低的等位基因插入率和脱扣率

 

■ 应用:

适用于以下细胞类型的文库制备:

  • 癌症研究:循环肿瘤细胞(CTC),激光捕获显微切割(LCM)细胞或DNA,

   以及细针抽吸(FNA)细胞;

  • 生殖健康研究:胚胎细胞和循环胎儿细胞;
  • 发育生物学:胚胎细胞,干细胞和稀有细胞;
  • 宏基因组学和微生物学:微生物细胞,微生物组和环境样品。

 

■ 产品说明:

SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit

SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit (PicoPLEX Gold) 是一种旨在从单细胞中生成高质量的DNA文库,以便在Illumina平台进行测序的试剂盒。该试剂盒基于PicoPLEX专利技术,优化用于检测拷贝数变异 (CNVs)、单核苷酸变异 (SNVs)、插入缺失 (indels) 和结构变异 (SV)。PicoPLEX Gold kit在SNV检测中表现出比MDA技术更好的性能。

SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit不包含index。兼容的SMARTer Index如下所述,需要单独购买。

PicoPLEX WGA是一种在全球被广泛用于检测单细胞中CNV的全基因组扩增(WGA)技术。最初,PicoPLEX技术主要用于高再现性的检测非整倍体异倍性和CNV。为了满足准确检测SNV的需求,对PicoPLEX WGA技术中的酶、引物和protocols进行了进一步优化,不仅提升了扩增的覆盖度、一致性、准确性,同时提高了CNV、SNV、Indel和其他SV的分辨率,并且保持了高重现性。

SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit可以固定细胞或非固定细胞起始,只需简单的4步操作流程,即可在3小时内完成Illumina NGS文库的构建,且手动操作时间非常短。

 

SMARTer DNA HT dual index kits

SMARTer DNA HT dual index kits是与SMARTer ThruPLEX或SMARTer PicoPLEX文库制备试剂盒搭配使用,用以构建Illumina测序文库的index引物试剂盒。这些试剂盒包含Illumina Nextera® XT v2 index序列对应的index引物,最多可提供384种不同的双端index,用于样本混合测序时的区分。其中index引物预先分装在4个的不同条形码标记的index微孔板中,每个微孔板可提供不同的96种index组合 (Code No.R400660-R400663),index微孔板(96N Sets A-D)的每个孔提供的量足够进行一次测序反应;另一种是一套中有24个单独的反应管,每个反应管中包含不同的双端index组合(Code No.R400664),且每个反应管(24N)提供的量足够进行两次测序反应。

 

SMARTer DNA unique dual index kits

SMARTer DNA unique dual index kits是与SMARTer ThruPLEX或SMARTer PicoPLEX文库制备试剂盒搭配使用,用以构建Illumina测序文库的index引物试剂盒。这些试剂盒包含“IDT for Illumina UD”对应的index引物,最多可提供96种不同双端index,用于样本混合测序时的区分。index引物预先分装在不同的4组各24个单独的管中,其中每组可提供24种不同index引物组合(Code No.R400665-R400668)。每个index引物管(24U Sets A-D)提供的量足够进行两次测序反应。

 

SMARTer DNA single index kits

SMARTer DNA single index kits是与SMARTer ThruPLEX或SMARTer PicoPLEX文库制备试剂盒搭配使用,用以构建Illumina测序文库的index引物试剂盒。这些试剂盒包含与“TruSeq LT set A”序列对应的index引物,可提供24种单端index,用于样本混合测序时的区分。index引物预先分装在不同的2组各12个单独的管中,其中每组可提供12种不同index引物组合(Code No.R400695和R400697)。每个index引物管(12U Sets A-B)提供的量足够进行8次测序反应。

 

图1. SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit技术。
PicoPLEX Gold的技术概要。通过step1裂解细胞获得gDNA,通过随机引物进行预扩增 (step 2),然后进行指数扩增得到测序文库(step 4)。

 

图2. PicoPLEX Gold的主要特点:高覆盖度,高均匀性,和高重现性 (与A产品技术相比)。
Panel A. 图中显示在不同深度的测序中覆盖的碱基数 (~35M read pairs,PE 2 × 150 bp) 。PicoPLEX Gold在较低深度的覆盖度与A产品 (MDA) 相似,在较高深度的覆盖度高于A产品(MDA)。
Panel B. 以gDNA样本 (NA12878) 和单细胞样本 (GM12878) 起始,使用PicoPLEX Gold和A产品进行全基因组扩增。相比较于MDA,PicoPLEX Gold显示出更均匀的覆盖度。
Panel C. 评估覆盖度的重现性。与A产品 (右) 相比,PicoPLEX Gold (左) 的在两个单细胞群之间的一致性明显更好。

 

 

 图3. 使用PicoPLEX Gold进行高质量单核苷酸变异(SNV)检测。
Panel A. 以单细胞(1c),5个细胞(5c)或15 pg的 NA12878 gDNA起始,比较A产品(MDA),PicoPLEX Gold(PP Gold)和SMARTer PicoPLEX WGA(PP WGA)这3个试剂盒之间的SNV检测率。其中1个和5个细胞的测序深度为35M read pairs, gDNA样品深度为40M read pairs。PicoPLEX Gold(蓝色)有高的保真度和覆盖度,与A产品(灰色)和PicoPLEX WGA(紫色)相比,可以高质量的检测更多的SNV(2-9倍),具有明显的优势。
Panel B. PicoPLEX Gold(蓝色)的B等位基因频率的对称分布,以0.5为中心,展示两个等位基因的平衡情况。与A产品(MDA)相比,PicoPLEX具有更好的等位基因平衡(灰色)。
Panel C. PicoPLEX Gold的无偏扩增, 在测试的所有单细胞文库制备的技术中,表现出最低的等位基因脱扣率(假阴性)。
Panel D. PicoPLEX Gold试剂盒中的聚合酶具有高保真度(蓝色),使得等位基因插入率与A产品(灰色)相当,且显著低于PicoPLEX WGA(紫色)。

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