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产品编号:HY-12921

Rubicon Genomics R300381 PicoPLEX DNA-seq Kit Illumina文库构建

PicoPLEX DNA-seq Kit

  • 注册品牌: Takara
  • 生产厂家: 美国stemrd公司
  • 订购货号: R300381
  • 保存温度: -20℃
  • 规格型号: 48Rxns
  • 产品编号: HY-12921
  • 产品种类: 文库构建

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PicoPLEX DNA-seq Kit试剂盒参数

            品牌                       产品编号           产品名称                             单位

Rubicon Genomics       R300381        PicoPLEX DNA-seq Kit       48Rxns

 

Illumina单细胞起始高再现性测序文库构建

PicoPLEX® DNA-seq Kit

· 高再现性:拷贝数变异(CNV)及染色体异倍性检测重复性高

· 完整的文库构建试剂:包含所有文库构建所需试剂

· 简便的工作流程:从单细胞到测序可用文库仅需三步

· 快速:3小时内完成Illumina NGS文库构建

· 低污染、低错误发生率:单管内完成文库构建,无需转移

 

产品说明:

PicoPLEX® 技术过去常结合基因芯片技术用于检测单细胞层面基因拷贝数变异,现在可以在单管中构建Illumina NGS分析的文库。PicoPLEX® WGA在全球被IVF行业供应商信赖并用于胚胎植入前遗传学筛查和诊断(PGS/PGD)。

PicoPLEX® DNA-Seq Kit简化了文库制备的过程;整个制备过程可在单管或单孔中完成,降低了错误和样品污染的概率,加速了实验进程,并且削减了实验成本。PicoPLEX® DNA-Seq Kit具有48次反应规格,具备完整的48个单独细胞或DNA(6 pg至60 pg)起始的NGS文库构建试剂,包括dual Barcodes。单微孔板中含有Barcoding Oligonucleotides。

 

图1. PicoPLEX 技术概要

PicoPLEX DNA-seq基于Rubicon Genomics的PicoPLEX技术,用于单细胞基因组DNA(gDNA)扩增,该技术使用多重循环的随机引物进行可重复文库构建。 PicoPLEX DNA-seq Kit遵循PicoPLEX WGA Kit的相同三步工作流程,包括细胞裂解,预扩增和zui终扩增。首先,特制配方裂解细胞并打断DNA。接着,专门设计的随机引物通过对产物进行zui小限度的扩增来选择性地预扩增DNA,以产生高度可重现的文库。zui后,用包含Illumina双重条形码的引物进行PCR扩增得到测序就绪文库。

 

图2. PicoPLEX DNA-seq测序工作流程。用于Illumina NGS平台测序文库构建的主要步骤,其中PCR板可用单管代替。

 

图3. 染色体异倍性分析的重复性。经流式细胞仪分选出11个不同步的H929细胞,使用本试剂盒制备文库后,经MiSeq测序,将获得的35个base single-end reads比对到人类基因组,对总计250,000 reads进行分析,各细胞得到的结果相同,显示了很高的重现性。

 

图4. NGS与Array分析的比较验证。使用同一胚胎单细胞库分别进行Array和NGS分析,确认本制品和24 sure array(Illumina)两者的等效性。NGS的结果与Array的结果一致。测序结果显示:2p检测到末端丢失(图示),12q检测到末端增加(数据未展示),经高分辨率的FISH分析确认,是与亲代DNA漏检的易位相关。

*数据来源于Genetics & IVF Institute.

 

图5. 无需进行文库定量。采用流式细胞仪分选的不同步的H929细胞,使用本试剂盒进行文库构建后,Miseq平台进行测序。由于本产品高重复性的特点,在文库pooling前无需进行定量。注: 图中空白的条带表示该位置处细胞缺失。

 

产品组成

· Cell Extraction Buffer(Green) 细胞提取缓冲液

· Extraction Enzyme Dilution Buffer(Violet)细胞提取缓冲液

· Cell Extraction Enzyme(Yellow)细胞提取酶

· Pre-Amp Buffer(Red)细胞提取酶

· Pre-Amp Enzyme(White)预扩增酶

· Amplification Buffer(Orange)扩增缓冲液

· Amplification Enzyme(Blue)扩增酶

· Nuclease-Free Water(Clear)无核酸酶水

· Dual Index Plate双端index 微孔板

· Quick Protocol双端index 微孔板

 

样本

上样量:该试剂盒每次反应可容纳5μL加样量(细胞和缓冲液zui高2.5μL)。如果细胞在1x PBS中,则不要超过2.5μL的PBS。

适用样本:1-10个哺乳动物细胞(例如卵裂球,极体,滋养层细胞,羊膜细胞,CTC,培养细胞);分离的DNA(6 pg – 60 pg人类DNA);超过50 pg加样量是可能的,但需要在步骤6和10处优化;分选的染色体。

样本采集兼容方法:流式分选(不要固定),稀释和显微操作与PicoPLEX DNA-seq兼容。

细胞洗涤:建议在PBS(不含钙,镁和BSA)中洗涤并限制洗涤缓冲液低于2.5μL。

 

反应时间

PicoPLEX DNA-seq试剂盒可在<3小时内裂解细胞并准备好含indexes的NGS适用文库。

 

运输和存储:PicoPLEX DNA-seq试剂盒(目录号R300381)在干冰上运输。试剂盒应在抵达后保存在-20°C。

质量控制:PicoPLEX DNA-seq Kit使用新一代测序(NGS)对应规格进行测试,以确保产品质量和一致性。

安全信息:遵循标准的实验室安全程序并穿戴合适的实验服,防护眼镜和一次性手套,以确保人身安全并减少样品制备和后续扩增反应过程中潜在的交叉污染。更多信息请参阅相应MSDS。

 

说明书【下载】

SMARTer PicoPLEX DNA-seq Kit
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