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产品编号:HY-13029

Rubicon SMARTer microRNA-Seq Kit微小RNA

SMARTer® microRNA-Seq Kit

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  • R500653

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  • 注册品牌: Takara
  • 生产厂家: Rubicon
  • 订购货号: R500653
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  • 规格型号: 16 Rxns
  • 产品编号: HY-13029
  • 产品种类: 分子生物学

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microRNA-Seq(for Illumina)

品牌    Code No.     包装量     价格

Clontech R500653 16 Rxns    9,896 元

Clontech R500654 48 Rxns    27,036 元

Clontech R500655 96 Rxns    48,771 元

SMARTer® microRNA-Seq Kit

SMARTer® microRNA-Seq Kit:实现高准确性、特异性和再现性的small RNAs 和microRNA分析

  • 采用专用的MAGIC技术减少偏差,获得准确且重复性好的small RNA和miRNA分析
  • 以100 ng-1 μg的总RNA或2-200 ng富集的小RNA样品起始,高灵敏度的制备文库
  • 简单的单管操作,6小时内制备高质量的小RNA文库

SMARTer microRNA-Seq Kit专门用于构建高质量microRNA(miRNA)的Illumina测序文库。使用特有的MAGIC技术(Mono-Adapter liGation and Intramolecular Circularization),以100 ng- 1 μg总RNA或2-200 ng富集小RNA(包括miRNA)样本量起始,减少接头连接带来的偏差。这项创新技术使SMARTer microRNA-Seq Kit能够以高重现性,高准确性和高灵敏度捕获小RNA和miRNA ,确保研究结果的一致性和可靠性。此外,该试剂盒的另一个特点是简便的单管操作流程,可在不到6小时成功生成文库,操作方便的同时降低被污染的风险。

 

SMARTer microRNA-Seq试剂盒:

甚至可以捕获microRNA以获得准确的microRNA表达谱
Mono-adapter连接和分子内环化技术可以最大限度地减少偏差

和竞争对手比较:

比Illumina,NEB,Bioo和QIAGEN方法有更高的灵敏度和准确度

可靠地捕获输入源和数量的小RNA种类可
重复的结果可以更好地反映样品的真实生物状态

介绍

在细胞调节过程中,小的非编码RNA(长度在15到200个核苷酸之间)在调节遗传信息流动中起着关键作用(Phillips 2008)。它们能够调节RNA剪接和蛋白质翻译,通过改变染色质结构影响DNA复制,以激素样方式介导细胞间通讯,并参与基因组防御(Bayraktar,Van Roosbroeck和Calin 2017; Phillips 2008; Tao等2017)。虽然存在多种类型的小非编码RNA,但microRNA的调节作用 – 通过以序列依赖性方式与靶mRNA结合起作用 – 是最熟知和研究的。

MicroRNA测序是研究人员检查microRNA表达模式,表征新型microRNA和揭示疾病相关microRNA的有用工具。由于microRNA在一系列标本(例如尿液,FFPE组织)中异常良好地保存,因此分析它们的表达可以作为强有力的诊断工具(Stuopelyte等人2016; Kakimoto等人2016)。然而,用于测序微小RNA的大多数方法涉及连续的分子间连接事件。这些事件引入了相当大的系统性偏倚,导致许多前瞻性生物标志物的丢失或过度表现,因此库不是起始样品的真实反映(Fuchs等,2015; Raabe等,2014)。

我们最近开发了SMARTer microRNA-Seq Kit,它使用M ono- A dapter li g ation 和I ntramolecular Circularization(MAGIC)技术可有效捕获具有极低偏差的microRNA种类(图1)。通过连接制备文库,但是,不是经历两个连续的分子间连接事件,微小RNA在其3’末端接受单个组合衔接子。该适配器(在反应中剩余的,未连接的衔接子最小化之后)允许microRNA通过与底物分子的5′-末端的环化事件侧接两个独立的衔接子。将侧翼适配器的环状微小RNA逆转录,并使用用于Illumina测序平台的条形码索引引物对cDNA进行PCR扩增。

图1. MAGIC技术原理

图2. 使用SMARTer microRNA-Seq kit高准确性高灵敏度分析miRNA

 

(以上比较数据来源于Takara Bio Inc.)

 

取由963种合成miRNA等摩尔混合后制成的miRNA Pool,分别使用本试剂以及其他4家公司的同类产品(接头连接法)制备文库,然后进行测序,比较这几种文库miRNA的表达量。使用本kit制备的文库比其他4种基于接头连接法的同类产品更准确,且获得的基因检测数更多。

 

Panel A: microRNA表达水平(Y轴,对数标度),每种miRNA(X轴,按照表达水平排序)。将假想的表达量水平全部设置为1进行均一化,以上下相差2倍作为cutoff值,显示了cutoff值范围内的miRNA表达量的比例。

 

Panel B:分析了每百万不同计数检测到的microRNAs数量,X轴为不同计数阈值,Y轴为对应检测到miRNA数量。

 

 

SMARTer方法可在输入源和数量之间产生高度可重复的结果

为了评估SMARTer microRNA-Seq试剂盒在多种总RNA来源和输入量上的表现,使用来自已知含有不同microRNA表达水平的四种来源的100 ng或1μg总RNA(RIN> 8)制备文库(如表I中所述,在2%和13%之间:人脑,人胎盘,人脾和miRQC研究中使用的通用参考RNA样品(Mestdagh等人,2014)。表I中显示的测序指标表明输入源和数量的一致结果。

所有文库都显示在输入水平和来源的紧密范围内(~48-71%)映射到hg38。当microRNA读数被定位到miRbase并以总读数的比例表示时,结果显示每个输入量的RNA源之间的一致映射。此外,SMARTer文库制备可以捕获其他小RNA种类(统称为piRNA,snoRNA和snRNA),并且不会丢失对rRNA的许多读数。这种趋势也可以用较低的输入量(1-10ng总RNA;数据未显示)看到,尽管这些样品遭受可能影响测序质量的增加的衔接子 – 二聚体污染。文库制备显示在5X或更高读数下检测到的相似数量的microRNA,无论microRNA比例如何(数据未显示),表明有效且较少偏向的microRNA捕获。

 

 

表1.不同组织来源的RNA的分析结果

以四种microRNA含量不同的100 ng和1 μg的总RNA起始,分别进行文库分析。通过起始量多少的比较,结果显示microRNA reads在total reads的占比结果相差不大。此外,除miRNA之外还可以检测到其他小RNA(piRNA,snoRNA,snRNA),但是检测到的rRNA的比例不高。

 

结论

微小RNA是一类小的非编码RNA,可作为基因表达的关键转录后调节因子。由于其在维持细胞功能中的关键作用,失调的miRNA表达涉及许多疾病状态,提高了使用microRNA作为生物标志物的可能性(Wang,Chen和Sen 2016)。因此,准确查询microRNA表达的能力对于当前和未来的科学进步(包括治疗和临床诊断)是重要的。为此,我们开发了一种方法,通过利用分子内环化(MAGIC技术)向microRNA添加适配器,最大限度地减少microRNA文库制备中连接诱导的偏倚。这导致显着更低的连接偏差并提供样品中真实microRNA表达的准确概况。

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